针对单位和部门领导干部的任期内经济责任审计也发现了一些问题。2004年7月至2005年6月,市审计局共完成领导干部任期经济责任审计项目36个,其中党政领导34名,金融机构领导2名。审计结果表明,个别领导干部所在部门、单位在财政财务收支的管理和遵守财经法规方面存在一些问题,其中包括滞留、截留应当上缴的财政收入,未执行“收支两条线”的规定,财务管理不合规,以及对下属单位监管不严等。
据审计报告披露,部分单位和部门未按规定上缴或延迟上缴某些财政款项。市交通局2002年5月拍卖“绿的”经营权所得收入1.08亿元延至2003年8月才上缴,期间产生的利息没有同时上缴;该局未按规定将1995年以前的车牌拍卖基金7334万元上缴财政,而是转为单位自有资金。原市外办2001年之前结余的“签证代办费”430万元未上缴财政专户。
此外,部分单位未执行“收支两条线”规定,原市劳动局2002年和2003年占用本应上缴财政专户的下属单位资金700万元,直接用于弥补经费超支、补贴食堂经费等支出。原市外办下属外事中心2002年至2004年3月综合楼租金收入378万元未执行“收支两条线”规定。一些部门、单位还存在把预算外收入转入工会的行为。
深圳仲裁委在2000年10月及2002年10月以出纳员个人的名义分别在两家银行开设个人储蓄存折存入公款,存款收支数额大,仅2003年1月就存入人民币131万元,支出人民币121万元。审计发现一些单位存货管理薄弱,如市疾病预防控制中心至2004年3月底财务科账面的卫生材料与各科室仓库余额相差1562万元。
审计局在报告中指出,被审计部门存在的问题大多发生在下属单位或与下属单位有关联。有些部门下属机构较多,管理链条太长,难以保证对下属单位进行经常性的监督和检查;有些部门利用下属单位逃避执行有关规定。例如,市卫生局有直属单位25个,审计发现其直属单位有35项对外合作项目未报批或备案,有的合作项目偷漏税被税务机关查处。市人事局将从市对外劳动服务公司外企部分得的利润交由下属单位市人才交流中心收取和管理,单独开设银行账号,未纳入单位财务账内统一核算。审计结果显示,该账户1998年7月至2004年6月共收入4991万元,支出917万元,主要用于购车、接待费及联谊会支出、出国考察费用等。